O curioso é que Bebeto cobraria o quinto pênalti brasileiro naquela decisão, mas não foi necessário porque o italiano Roberto Baggio jogou para fora as chances da Azzurra.
Pouco tempo depois de conquistar a Copa do Rei da Espanha pelo Deportivo La Coruña, em 1995, Bebeto retornou ao futebol brasileiro. Foi mais uma vez defender o Flamengo, que no ano anterior tinha investido muito na formação de um grande ataque no papel (Edmundo, Romário e Sávio) e que não tinha dado certo na prática.
No Flamengo, Bebeto não conseguiu emplacar como em sua primeira passagem pela Gávea. Deixou o clube ainda no mesmo ano e retornou ao futebol espanhol, onde foi defender o Sevilla. Em 97, já estava de volta ao Brasil, desta vez para defender outro ex-clube: o Vitória.
A contratação de Bebeto pelo rubro-negro baiano foi efetuada graças a uma parceria do clube com o banco Excel, o mesmo que na época também patrocinava o Corinthians. O Excel bancou para o Vitória o atacante Bebeto e levou para o Corinthians os meias Fábio Augusto e Fernando Diniz, o atacante Túlio Maravilha, os zagueiros Sangaletti e Antônio Carlos, o lateral-esquerdo André Luiz, entre outros.
Com Bebeto, formando dupla com Agnaldo no ataque, o Vitória levantou a taça no Campeonato Baiano e também da Copa do Nordeste de 1997. Bebeto permaneceu no clube baiano também no segundo semestre, embora o Corinthians tenha tido muito interesse em tirá-lo do Barradão.
Depois do Vitória, Bebeto defendeu o Botafogo, entre 1998 e 1999. Lá, ele foi campeão do Torneio Rio-São Paulo de 1998. Apesar de não ser o mesmo jogador de 1994, Bebeto também fora convocado para defender a seleção brasileira na Copa de 1998. Não chegou a ser uma grande decepção, mas também esteve longe de jogar um futebol igual ao da Copa dos Estados Unidos.
Depois do Glorioso, o atacante defendeu ainda o Toroz Neza, do México (99), o Kashima Antlers, do Japão (2000), Vasco da Gama (2001 e 2002), Al Ittihad, da Arábia (2002), antes de encerrar a carreira de futebol. Seu último jogo oficial foi pelo time árabe contra o Flamengo de Guarulhos (SP), uma partida amistosa.
Deputado estadual eleito para o mandato entre 2011 e 2015, Bebeto assumiu o cargo de coordenador das categorias de base da seleção brasileira em janeiro de 2012, deixando o cargo em 07 de março do mesmo ano, alegando não conseguir conciliar as duas atividades simultaneamente.
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